在2016年1月6日新公布的《2016年中国一流大学竞争力排行榜》中。北京大学、清华大学、浙江大学蝉联中国一流大学排行榜前三甲，上海交通大学稳定在第4位，吉林大学强势回归，位列第9。值得注意的是，厦门大学 和华东师范大学凭借出色表现，重新跻身中国一流大学行列。山东大学(上升9名)、厦门大学(上升6名)和中国科学技术大学(上升5名)上升势头迅猛;中国 人民大学(下降8名)、北京师范大学(下降7名)和四川大学(下降4名)排名下降较多;其他大学的排名波动都稳定在3名以内。
2016年中国一流大学竞争力排行榜
| 排名 | 学校名称 | 总分 | 办学资源序 | 教学水平序 | 科学研究序 | 学校声誉序 | 省（自治区、 直辖市）序 | 类型序 | ||
| 1 | 北京大学 | 100.00 | 2 | 1 | 1 | 2 | 北京市 | 1 | 综合 | 1 |
| 2 | 清华大学 | 94.64 | 1 | 9 | 4 | 1 | 北京市 | 2 | 理工 | 1 |
| 3 | 浙江大学 | 94.53 | 4 | 4 | 2 | 6 | 浙江省 | 1 | 综合 | 2 |
| 4 | 上海交通大学 | 92.48 | 8 | 3 | 3 | 8 | 上海市 | 1 | 理工 | 2 |
| 5 | 武汉大学 | 90.48 | 3 | 5 | 6 | 5 | 湖北省 | 1 | 综合 | 3 |
| 6 | 复旦大学 | 89.26 | 6 | 12 | 5 | 11 | 上海市 | 2 | 综合 | 4 |
| 7 | 南京大学 | 89.03 | 7 | 2 | 9 | 3 | 江苏省 | 1 | 综合 | 5 |
| 8 | 华中科技大学 | 85.91 | 13 | 21 | 7 | 4 | 湖北省 | 2 | 理工 | 3 |
| 9 | 吉林大学 | 85.44 | 9 | 10 | 10 | 7 | 吉林省 | 1 | 综合 | 6 |
| 10 | 中山大学 | 85.08 | 11 | 11 | 8 | 14 | 广东省 | 1 | 综合 | 7 |
| 11 | 山东大学 | 83.71 | 18 | 8 | 13 | 12 | 山东省 | 1 | 综合 | 8 |
| 12 | 南开大学 | 82.12 | 5 | 13 | 14 | 22 | 天津市 | 1 | 综合 | 9 |
| 13 | 四川大学 | 82.07 | 16 | 19 | 12 | 16 | 四川省 | 1 | 综合 | 10 |
| 14 | 中国科学技术大学 | 80.93 | 23 | 16 | 11 | 27 | 安徽省 | 1 | 理工 | 4 |
| 15 | 西安交通大学 | 80.79 | 17 | 14 | 15 | 24 | 陕西省 | 1 | 理工 | 5 |
| 16 | 哈尔滨工业大学 | 80.18 | 21 | 7 | 27 | 10 | 黑龙江省 | 1 | 理工 | 6 |
| 17 | 中南大学 | 79.36 | 19 | 15 | 21 | 17 | 湖南省 | 1 | 理工 | 7 |
| 18 | 东南大学 | 78.99 | 24 | 28 | 20 | 9 | 江苏省 | 2 | 理工 | 8 |
| 19 | 中国人民大学 | 78.79 | 27 | 6 | 23 | 25 | 北京市 | 3 | 文法 | 1 |
| 20 | 同济大学 | 78.65 | 20 | 22 | 17 | 23 | 上海市 | 3 | 理工 | 9 |
| 21 | 北京师范大学 | 78.63 | 14 | 18 | 19 | 36 | 北京市 | 4 | 师范 | 1 |
| 22 | 天津大学 | 78.49 | 32 | 17 | 18 | 13 | 天津市 | 2 | 理工 | 10 |
| 23 | 厦门大学 | 78.39 | 28 | 24 | 16 | 21 | 福建省 | 1 | 综合 | 11 |
| 24 | 北京航空航天大学 | 76.11 | 22 | 27 | 26 | 20 | 北京市 | 5 | 理工 | 11 |
| 25 | 大连理工大学 | 75.43 | 25 | 33 | 22 | 43 | 辽宁省 | 1 | 理工 | 12 |
| 26 | 华东师范大学 | 75.23 | 34 | 20 | 28 | 19 | 上海市 | 4 | 师范 | 2 |
