学校现有3个国家临床重点专科——骨外科学、神经外科学和普通外科学，3个国家中医药管理局重点学科——蒙医学、蒙药学、伤寒学，1个国家中医药管理局重点专科——蒙医脾胃病学；有1个自治区优势特色学科——中医学（蒙医学），病理学与病理生理学、眼科学、影像医学与核医学、外科学（普外、骨外）和民族医学（蒙医学）5个自治区重点学科，人体解剖与组织胚胎学、内科学（血液病）2个自治区重点培育学科，自治区临床医学领先学科7个，自治区临床医学重点学科7个。有自治区蒙医药协同创新培育中心、自治区肿瘤生物治疗协同创新培育中心2个自治区级协同创新中心；有自治区中蒙药重点实验室、自治区医学细胞生物学重点实验室、自治区分子病理学重点实验室、自治区分子生物学重点实验室、自治区分子影像学重点实验室5个自治区重点实验室；有新药筛选工程研究中心、动物脏器高值化利用生物活性肽工程实验室2个自治区工程研究中心（实验室）；有分子与功能影像工程技术研究中心、自治区数字转化医学工程技术研究中心2个自治区工程技术研究中心；有生物医学综合实验教学中心、形态学实验教学中心、药学基础实验教学中心、中蒙医临床模拟实验教学中心、护理实验教学中心、临床技能培训实验教学中心6个自治区级实验教学示范中心。其中，中蒙医临床模拟实验教学中心被评为国家级实验教学示范中心,蒙医学虚拟仿真实验教学中心被评为国家级虚拟仿真实验教学中心。内蒙古蒙医药博物馆、内蒙古自治区卫生政策研究所、心血管研究所、骨科研究所设在我校。学校紧密依托蒙医药学院和药学院的教学资源支撑、内蒙古国际蒙医医院的医疗资源支撑、内蒙古蒙医药博物馆的馆藏文献资源支撑、蒙药研究所和GLP实验室的科技创新平台支撑，全力打造蒙医药学科与专业特色，使该学科成为学校的优势特色学科，被自治区和国家中医药管理局评为重点学科，进一步巩固了学校该学科在世界范围内的领跑地位，2009年6月，蒙医药学被列为国家级非物质文化遗产项目。目前，国内仅有的2名该项目代表性传承人乌兰、阿古拉，均是我校的研究生导师。