学院注重发挥专业优势，致力于藏医药科学研究，科技开发。创办了面向国内发行的学术性期刊《藏医药教育与研究》，编著出版了300万字的藏医药学巨著《四部医典大详解》。承担了国家科技部863计划藏医药研究技术平台项目、科技部973计划项目4项、国家自然科学基金项目5项、国家科技支撑计划项目4项。现有省部级以上科研平台4个，中央与地方共建高校特色优势学科实验室建设项目4个，国家级重点实验室2个；拥有1所直属附属医院、1个藏药厂、2个采药认药基地、5所教学医院、1所非直属附属医院、1个非直属教学药厂，1个传统与现代相结合的实验标本中心。

学院图书网络中心有各类图书41886册，其中藏医药学古籍资料4970多卷、传统藏医药教学彩色唐卡81幅；建有校园网、电子阅览室、藏医药学和天文星算学博物馆。学院藏药厂现生产藏药品种上百种，其中24种药品获得国家批准文号。

学院积极开展对外合作与交流，多次派遣专家赴美国、英国、南非、巴西、日本等24个国家访问讲学；先后为30多个国家和地区的学者讲授藏医药学，并于1994年在英国开办藏医班，很好地向世界展示了藏医药学，弘扬了民族文化。

“十二五”时期，学院将根据“始终贯穿一条主线，努力实现两个目标，继续促进三个转变，深入实施四大战略”的发展思路，锐意创新、扎实工作，把西藏藏医学院建设成为特色鲜明，优势明显，综合实力较强，在国内藏医药学科领域居领先水平，在国际上具有一定地位和影响的教学型现代藏医药高等院校目标而努力奋斗！