学校现有全日制在校生9473人，其中本、专科生5985人，硕士研究生2827人，博士研究生661人，研究生占36.8%，境外学生占10.3%。另有继续教育学生3561人，远程教育学生14799人，目前全校各类在校生达27833人。

学校现设有基础医学院、中药学院、针灸推拿学院、管理学院、护理学院、人文学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、研究生院、国际学院、继续教育学院、远程教育学院、台港澳中医学部、国学院等教学机构。学校致力于构建面向未来的以高层次教育为主的人才培养体系，目前设有中医学、中药学、中药制药、药学、针灸推拿学、公共事业管理、工商管理、信息管理与信息系统、护理学、英语（医学）、法学（医药卫生）11个本科专业。

学校是全国高等中医药院校中首批建立博士学科点和博士后科研流动站的单位之一，设有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站。中医学、中药学、中西医结合均具有一级学科博士学位授权，囊括41个二级学科博士学位学科授予点，并有45个硕士学位学科授予点。学校现有一级学科国家重点学科2个，涵盖二级学科国家重点学科15个；有国家中医药管理局重点学科48个；一级学科北京市重点学科2个，二级学科北京市重点学科8个；重点学科建设在全国中医药院校中保持领先地位。

学校现有直属附属医院3所，有国家临床重点专科15个，国家中医药管理局重点专科35个。建设全国中医学术流派和全国名老中医药专家传承工作室42个，北京中医药“薪火传承3+3工程”名医传承工作站33个。东直门医院（第一临床医学院）创办于1958年，经过半个多世纪的艰苦创业，已经发展成为一所集中医、中西医结合医疗、教学、科研于一体的大型现代化综合性三级甲等医院，为全国示范中医医院、国家食品药品监督管理局临床药理基地、民政部“明天计划”脑瘫患儿手术康复治疗定点医院。东方医院（第二临床医学院）创办于1999年，已建设成环境优美、布局合理、设备先进、人才优化、管理科学、医疗水平一流、中医特色突出、具有综合服务功能的三级甲等医院，是全国示范中医医院、全国中医脑病中心、全国中医急症中心。第三附属医院（第三临床医学院）创办于1964年，是三级甲等中西医结合医院、北京市定点中西医结合医院、国家第三批重点中西医结合医院建设单位。学校另有临床教学基地36所，承担着全校学生的临床教学、实习、见习工作。