学校始建于1947年，于1995年6月27日经原国家教委批准，由佳木斯医学院、佳木斯工学院、佳木斯师范专科学校和原佳木斯大学合并组成;2000年后，佳木斯市粮食职工中等专业学校、富锦师范学校、黑龙江省理工学校相继并入。

学校是黑龙江省重点建设的省属高水平大学，是黑龙江省门类较全且含有医学专业的综合性大学，是“十三五”期间“国家百所中西部高校基础能力建设工程(二期)支持高校”。

学校占地1965亩(131万平方米)，建筑面积57.6万平方米，设有25个学院和4个研究院、82个研究所(室)。学校学科专业设置涵盖文学、理学、工学、医学、经济学、教育学、法学、历史学、管理学、农学、艺术学等十一大学科门类，现有2个博士学位授权一级学科，11个硕士学位授权一级学科，5个硕士学位授权二级学科，5个硕士专业学位授权点、1个博士后科研流动站和3个博士后科研工作站，76个本科专业;国家级特色专业3个、省级重点专业11个、省级重点学科7个、省高校重点实验室3个、省级实验教学示范中心4个、省级精品视频公开课程2门;获批国家级专业综合改革试点项目1个，省级专业综合改革试点项目4个;学校成为中国高等教育学会医学教育专业委员会综合性大学医学教育研究学组组长单位，加入中俄医科大学联盟、东西部课程联盟、全国地方高校UOOC(University OpenOnline Course)联盟”和中国医学教育慕课联盟。教育部金属耐磨材料与表面技术工程研究中心、原卫生部康复医学人才培训基地、教育部赴俄留学培训基地、黑龙江省全科医学培训中心、黑龙江医院住院医师规范化培训基地、黑龙江省佳木斯中俄科技合作中心、黑龙江省高校校企共建耐磨材料研发中心、黑龙江省三江区域文化研究学术交流基地设在我校;《佳木斯大学社会科学学报》、《佳木斯大学自然科学学报》、《黑龙江医药科学》三个学报在国内外公开发行。

学校现有教职工4564人(含3个附属医院)，其中高级职称1521人，省级教学名师5人，省级优秀研究生导师团队2个，省科技创新团队2个;拥有共享“两院”院士、龙江学者等一批特聘教授和客座教授;现有来自全国31个省、市、自治区的全日制本科在校生22451人，博、硕研究生1428人，留学生801人，继续教育学生11910人;固定资产总值13.94亿元，其中教学仪器设备总值2.83亿元，图书馆藏书255.3万册。