学校1948年创建于哈尔滨，始称东北农学院，是中国共产党在解放区创办的第一所普通高等农业院校，知名教育家、哈尔滨市第一任市长刘达为学校第一任院长。建校以来，先后隶属于东北行政委员会农业部、国家高等教育部、国家农业部、黑龙江省农业委员会、黑龙江省教育厅，1981年被确定为黑龙江省省属重点院校，1994年与黑龙江省农业管理干部学院合并组建东北农业大学。

学校设有17个学院和1个教学部。现有3个国家重点学科，3个国家重点(培育)学科，2个农业部重点学科，2个省级重点学科群，10个省级一级重点学科，农业科学、植物学与动物学2个学科进入ESI国际学科排名前1%。学校是全国首批具有博士、硕士学位授予权的高等学校之一，现有9个博士学位授权一级学科点，19个硕士学位授权一级学科点;1个博士专业学位授权类别，7个硕士专业学位授权类别;10个博士后科研流动站、2个博士后科研工作站;71个本科专业。

学校现有专任教师1 426人，其中教授304人、副教授428人;具有博士学位者743人，具有硕士学位者452人。现有中国工程院院士1人，“万人计划”入选者7人，“长江学者”特聘教授1人，国务院学位委员会学科评议组成员6人，国家杰出青年科学基金获得者2人，“百千万人才工程”国家级人选2人，科技部中青年科技创新领军人才7人，教育部创新团队2个，教育部“跨世纪、新世纪优秀人才支持计划”入选者10人，国家级教学团队2个，国家级教学名师1人，教育部高等学校教学指导委员会分委员会副主任委员2人、委员15人，国家现代农业产业技术体系岗位科学家17人，“龙江学者”特聘教授19人、讲座教授3人，青年“龙江学者”特聘教授1人，博士生导师175人。

学校现有全日制在校27476人，其中研究生3876人、本科生23 389人、外国留学生211人，是首批“卓越农林人才教育培养计划”项目试点高校。拥有国家级特色专业10个，国家级人才培养模式创新实验区2个，国家级精品课程4门、国家级精品视频公开课4门、国家级精品资源共享课2门，国家级实验教学示范中心4个，国家级虚拟仿真实验教学中心1个，国家级大学生校外实践教育基地4个，教育部、农业部农科教合作人才培养基地4个，科技部创新人才培养基地1个，全国高校学生科技创业实习基地1个;获得全国“百篇”优秀博士学位论文1篇、提名4篇。学校是国家现代远程教育试点院校，设有全国重点建设职业教育师资培养培训基地。学校是全国毕业生就业典型经验高校。建校至今已累计培养各级各类学生24万人，其中既有一批站在世界科技前沿的“创新型”人才，也有一批遍布全国的“复合型”人才，更有一大批活跃在黑龙江省和全国农业生产第一线的“应用型”人才。