中国高等航海教育发轫于上海，1909年晚清邮传部上海高等实业学堂(南洋公学)船政科开创了我国高等航海教育的先河。1912年成立吴淞商船学校，1933年更名为吴淞商船专科学校。1959年交通部在沪组建上海海运学院。2004年经教育部批准更名为上海海事大学。为更好地服务上海国际航运中心建设和国家航运事业发展，根据上海市高校布局结构调整规划，2008年上海海事大学主体搬迁临港新城。2009年学校举行百年校庆系列活动。

上海海事大学是一所以航运、物流、海洋为特色，具有工学、管理学、经济学、法学、文学、理学和艺术学等学科门类的多科性大学。2008年，上海市人民政府与交通运输部签订协议，共建上海海事大学。

学校设有2个博士后科研流动站(交通运输工程、电气工程)，2个一级学科博士点(交通运输工程、管理科学工程)，19个二级学科博士点，13个一级学科硕士学位授权点，59个二级学科硕士学位授权点，6个专业学位硕士授权点，10个工程硕士点，47个本科专业。拥有11个省部级重点研究基地。现有1个国家重点(培育)学科，1个上海市高峰学科，2个上海市高原学科，9个部市级重点学科。5个国家级特色专业，1个国家级综合改革试点专业，6个教育部卓越工程师教育培养计划专业，17个上海市本科教育高地。现有2个国家级实验教学示范中心，2个国家级虚拟仿真实验教学示范中心，5个国家级实践教学示范中心，1个全国示范性工程专业学位研究生联合培养基地。设有水上训练中心，拥有万吨级集装箱教学实习船“育锋”轮，4.8万吨散货教学实习船“育明”轮。

在2004年教育部本科教学工作水平评估和2006年教育部英语专业教学评估中获得优秀。2016年，年度科技总经费达到2.8亿元，获一批国家级科研项目及部市级以上科技进步奖。

实行校院二级管理体制，现设有商船学院、交通运输学院、经济管理学院(设亚洲邮轮学院)、物流工程学院(设中荷机电工程学院)、法学院、信息工程学院、外国语学院、海洋科学与工程学院、文理学院(设马克思主义学院)、徐悲鸿艺术学院、物流科学与工程研究院、上海高级国际航运学院等二级办学部门。在21000余名学生中，有本科生17000余人，各类在校研究生3500余人，留学生700余名。在1100余名专任教师中，有教授156名，具有博士学位的教师比例约53%。学校致力于培养国家航运业所需要的各级各类专门人才，已向全国港航企事业单位及政府部门输送了大量毕业生，被誉为“高级航运人才的摇篮”。