设施农业科学与工程专业是新兴的专业，随着设施农业的发展，毕业生就业形势好，就业率高，我国目前设立设施农业科学与工程专业的院校只有西北农林科技大学、沈阳农业大学和山东农业大学等几家，个别学校只开设专业方向或选修内容，其毕业生远远不能满足我国设施农业快速发展的需求。目前，全国设施农业发展迅速，许多企业与产业部门急需具有该特长的专业人才，将会吸纳本专业的毕业生。山东省是设施农业大省，因此，培养的人才将具有广阔的就业前景。设施农业科学与工程专业在专业学科中属于农学类中的植物生产类，其中植物生产类共9个专业，设施农业科学与工程专业在植物生产类专业中排名第9，在整个农学大类中排名第21位。截止到 2013年12月24日，324195位设施农业科学与工程专业毕业生中应届毕业生工资3567元，0-2年工资4242元，10年以上工资1000元，3-5年工资5331元，6-7年工资6816元，8-10年工资7685元。
据统计，设施农业科学与工程专业就业前景最好地区有1、盐城、2、北京、3、惠州、4、上海、5、厦门、6、广州、7、南通、8、深圳、9、佛山、10、温州，平均薪酬在4992元。