生物医学工程专业毕业生可在管理机构和国家机关，医学机构（临床研究、高度专业化的医学护理，管理） , 在医疗器械的使用、销售和服务上，研究所，大学（基础研究，教学），国际制药、保健品企业（管理、研究和开发），私人机构和医生合作，毕业生可直接参加高度专业化的医学护理和解决临床基础研究的问题，由他们研制的器械和系统对于疾病的观察、诊断、治疗、缓解起着很重要的作用。据中华医学会医学工程学分会副主任委员吕忠生介绍，目前全国大约有6万家医院，医学工程师只占医院总人数10％，与国外30％的比率相差悬殊。作为医学工程的最大产业，国内1万多家医疗设备企业也急需医学工程师。同时现代医学技术的进步是和生物医学工程学的发展也是分不开的，由此可见生物医学工程专业有广阔的就业前景。 据教育部2010年公布的本专科专业就业状况显示，生物医学工程专业的就业率区间处于B+阶段，毕业生规模4000-5000人，该专业的平均就业率≥85%。
据统计，生物医学工程专业就业前景最好的地区有1、北京、2、上海、3、广州、4、深圳、5、南京、5、杭州、6、武汉、7、成都、8、济南、9、郑州，平均薪酬在4999元。