高校管理体制改革后，学校以社会需求为导向，以培养基础扎实、知识面宽、能力强、素质高、具有创新精神的应用型高级专门人才为目标，突出工科优势和铁路特色，对本科教育从培养模式、教学计划、教学内容及方法、管理制度等方面进行了一系列改革，取得了显著成效。近年来，学校进一步解放思想，认真贯彻落实国家科教兴国和西部大开发的战略决策，紧跟我国高等教育快速发展的步伐，积极培育和发展“大交通”特色，着重在优化学科专业结构、加强师资队伍建设和教学基础设施建设、狠抓教育教学质量、提高管理水平上下工夫，实现了从“学院”向“大学”，从“铁道”向“交通”，从“学士、硕士授予单位”向“博士学位授予单位”的拓展，丰富了办学内涵，提高了办学层次。
经过半个多世纪的建设与发展，兰州交通大学现已成为一所以工科为主，工、理、经、管、文、法、农等学科协调发展的多科性大学，在甘肃省属院校中办学规模最大、办学层次最全、就业形势最好、成果转率最高、对外交流最活跃、拥有国家级创新平台最多，在土木工程、交通运输、机械工程、信息与通信工程、环境工程、计算机科学与技术、应用数学等学科领域形成了一定的优势与特色，其中桥梁与隧道工程、交通信息工程及控制、环境工程、交通运输规划与管理、车辆工程等学科在西北地区高校具有较强实力。
学校校园占地面积1565亩，建有2个校区，1个大学科技园区，形成了一校三区的格局。校舍建筑总面积76.42万平方米，总资产21.77亿元，其中固定资产10.73亿元；图书馆藏书达225.67万册（其中电子图书43.26万册）；建有达到国际先进水平的国际联机情报检索工作站，是甘肃省五大文献收藏单位之一。学校于上世纪90年代初建成校园计算机网，形成以远程教育、教务管理、校园计算机网、通讯网和有线电视网为主体的现代教育服务网络系统，之后又数次升级、更新和扩展，目前其硬件设施和功能在甘肃省高校处于先进水平。
学校现有全日制本科生22137人，研究生2638人，留学生157人，国防生412人，成人学历教育在册学生17433余人。教职工2352人，其中专任教师1409人；具有副高职称以上的757人，博士生导师39人，享受国务院政府特殊津贴者77人，国家新世纪百千万人才工程人选3人，甘肃省特聘科技专家4人，甘肃省领军人才42人，甘肃省“333”科技人才工程人选16人，甘肃省“555”创新人才工程人选22人，教育部“长江学者”创新团队2个。学校教师中有9人先后获得全国“五一劳动奖章”、“全国优秀教师”和“全国师德先进个人”称号，1人获国家“西部开发突出贡献奖”，1人获“甘肃省教学名师”称号，3人获“詹天佑青年科技奖”，44人获省部级“优秀教师”称号，30人获“甘肃省园丁奖”，1人获“兰州市科技功臣”，18人入选“铁道部优秀中青年专家”，19人入选“铁道部青年科技拔尖人才”，22人获“甘肃省跨世纪学术带头人”称号，30人获得“甘肃省高校青年教师成才奖”，另有9名两院院士受聘为我校兼职教授，已形成了一支整体结构比较合理、素质优良的教师队伍。
学校始终把本科教学工作作为学?的工作中心和资源配置重心，努力改善办学条件。通过加强高等教育理论研究与实践、加强基础教学、深化教学改革、注重实践教学、强化学风建设、建立完善的质量监控体系，将人才培养计划落到实处。保证了本科教学质量的稳步提高。学校实施46个校级重点课程群建设项目计划，已有3门国家精品课程和27门省级精品课程。2005年10月，学校通过了教育部本科教学工作水平评估，结论为优秀。2001年，我校“信息与通信工程”学科通过了全国学位与研究生教育发展中心组织的一级学科评估。2007年“土木工程”与“给水排水”两专业分别通过了教育部委托建设部进行的专业教学复评与初评，教学工作的中心地位更加突出和稳固。
学校科研工作始终面向西部交通和地方经济建设主战场，以技术创新和成果转化为重点，形成了依托交通行业、并与社会经济发展相适应的应用性科研特色。早在1978年，我校就有6项科技成果获全国科技大会奖；1983年，我校参加的“汉江斜腿刚构薄壁箱形钢梁桥设计”曾获国家优质工程金质奖章。近五年来，全校共承担各级各类科研项目2059项，其中国家级项目77项，省部级项目394项；科研经费达6.1亿元；全校教师共发表学术论文7738篇，其中被SCI、EI、ISTP三大检索收录1008篇，出版教材、专著255部；通过鉴定的科技成果123项，申请专利51项；获省部级以上成果奖80项，学校总体科研成果的数量与水平均在原有基础上有了大幅提升与质的飞跃。
学校学科特色鲜明，门类齐全，涵盖了工、理、经、管、文、农、法等7大学科门类。目前设有研究生学院、自动化与电气学院、电子与信息工程学院、土木工程学院、交通运输学院、机电工程学院、环境与市政工程学院、建筑与城市规划学院、数理与软件工程学院、经济管理学院、化学与生物工程学院、外国语学院、艺术设计学院、文学与国际汉学院、马克思主义学院、铁道技术学院、继续教育学院和位于武威市的新能源与动力工程学院18个学院和1个体育教学部。有50个本科专业，16个博士点，64个硕士点；有6个国家特色专业建设点。有1个国家级工程中心，3个博士后科研流动站，9个省部级重点实验室，2个国家级实验教学示范中心，5个省级实验教学示范中心，7个省部级工程研究中心，93个各类研究所。学校具有优秀本科生免试推研资格，具有招收高水平运动员资格，学校于2006年开始招收海外留学生，目前已有近100名来自美国、乌克兰、韩国的留学生在我校进行学习。2008年3月，我校取得中国政府奖学金生招生资格，截至目前已招收来自15个国家的157名中国政府奖学金生。学校还是铁道部继续教育西北基地、甘肃省专业技术人员继续教育基地，是为中国人民解放军空军培养国防生的高校之一。
学校大力开展创新平台建设，连续在国家级工程中心、国家大学科技园、国家级实验教学示范中心、国家精品课程、国家特色专业建设点、教育部创新团队、教育部重点实验室等省部级、国家级平台建设上取得从无到有的重大突破。2010年1月22日，我校成立“甘肃省绿色镀膜新材料产业技术创新战略联盟”和“甘肃省太阳能光热应用产业技术创新战略联盟”，这是我省继成立数控机床产业技术创新联盟后的第二个和第三个产业技术创新联盟。学校主动为经济社会的发展提供人才、技术和智力支撑，承担、参与了与西部大开发有关的科研课题和项目达1600余项，涵盖了西部地区经济社会发展的多个方面，包括基础设施建设、生态建设、资源开发利用、新农村建设、技术交流合作、人才培训等多个领域，科学研究和技术攻关造就了一批高水平的学术带头人，同时也为促进西部地区经济社会发展做出了重要贡献。我校作为全国第一所参加青藏铁路建设也是承担科研项目最多的高校，共承担科研项目30余项，经费达1000万元，涉足许多前所未有的研究领域，为青藏铁路建设做出了积极的贡献。同时，学校抢抓高速铁路建设发展的重大机遇，加入了国家科技部、铁道部组建的“高速列车创新团队创新联盟”和国家科技部、铁道部组建的“高速列车创新团队”，大幅提升了学校在铁路前沿科技领域内的科研竞争实力和服务经济能力。今后，学校将重点为甘肃省和西部地区的铁路、公路、地铁、高架轻轨、近郊铁路、大型立交桥、环境工程建设、机电技术、工业自动化控制及信息网络技术方面提供智力和技术支持；在西部基础设施建设的若干相关领域的关键技术上实现对接，着力解决西部铁路、公路在筑路设计施工、过山隧道、大跨度新型桥梁设计、列车提速、铁路行车自动化控制、调度通信、交通信息、运输组织与管理、信息及网络工程等研究领域和关键性技术研究。
学校以“兰州交通大学董事会”为纽带，先后与120多家企业单位、科研机构和政府部门建立了紧密的合作关系，各类教育资源得到有效整合和利用，学研产合作之路越走越宽。
学校积极发展对外交流合作，与世界多个国家和地区的近30所高校和科研机构建立了学术交流关系，近年来先后选派200名中青年教师赴加拿大、澳大利亚、日本、美国、法国、英国、德国等国进修、攻读学位和科研合作，有近百名外籍专家学者应邀来校交流讲学。我校与美国、加拿大、澳大利亚、英国、德国、日本、瑞典、韩国、俄罗斯等国的教育和科研机构建立了良好的合作关系。
学校面向全国31个省、市、自治区招生，每年的第一志愿录取率都在96%以上。学校本科毕业生就业率多年保持在90%以上，连续多年被评为“甘肃省毕业生就业工作先进单位”，2009年还被评为“全国毕业生就业工作先进单位”。近年来在全省非师范类普通院校毕业生就业工作评估中均名列第一。由于学校狠抓基础教学，注重创新精神和实践能力培养，近年来学生参加全国大学生数学建模竞赛、全国大学生电子设计竞赛、“挑战杯”大学生课外学术科技作品竞赛、全国大学英语四、六级统考、CCTV英语演讲比赛、甘肃省大学生计算机等级考试等统考竞赛，成绩在甘肃省高校中名列前茅。
办学52年来，学校培养了各类人才8万余名，他们已成为铁路建设事业和地方经济建设的骨干力量。其中有国家重点工程项目负责人拉有玉、张黎、丁昆等；高校及科研机构专家学者何义亮、雷乐成、徐瑞华、秦世引、赖远明等200余人；全国知名企业家与国有大型企业领导人王石、文一波、吴力、张建华、鲍继怀、牟庆斋、郝光隆、张俊书、张正清、张小华、漆宝瑞、黄西华、林兰生等80余人；省部级和司局级党政干部刘学良、董峰贵、耿志修、黄民、戴晓曙、高小兵、严恢、赵伟民等40余人。青藏铁路、京九铁路、成昆铁路、深圳地铁等重大工程的主要负责人中均有我校毕业生。还有更多的毕业生在各自的工作岗位上努力工作、默默奉献，他们以自己基础扎实、踏实肯干、勇于创新、守职敬业的实际行动显示出我校学子的精神风貌和学校的育人特色，为学校赢得了良好的社会声誉。
近年来，学校的改革与发展取得了显著成效，已基本实现规模、质量、结构、效益的协调发展。学校独具特色的学科群以及所培养的“勤朴笃行、艰苦创业”的应用型高级专门人才，为国家经济建设做出了积极贡献。学校先后获得“甘肃省教育系统先进集体”、“甘肃省高校思想政治工作先进集体”、“全国大中专学生三下乡社会实践先进单位”、“全省贯彻《学校体育工作条例》优秀学校”等荣誉。有关媒体对我校的改革与发展曾做过多次报道，2002年7月11日《光明日报》以“数十年春风化雨，千万株棫朴成栋”为标题，报道了我校的办学纪实；2003年5月29日《甘肃日报》以“发挥工科优势，突出交通特色”为题，报道了我校的教育教学改革成就。2008，学校建校50周年之际，《光明日报》、《人民铁道报》、《大公报》、《中国教育报》、甘肃电视台等几十家媒体单位均对学校的庆典活动和多年来的建设发展成就进行了全方位、多角度的充分报道，学校的海内外知名度和社会影响力都得到了进一步提高。
进入新世纪后，学校党委提出了把兰州交通大学建成为在甘肃有突出地位、在全国有鲜明特色、在国际上有较高知名度的高水平教学研究型大学的奋斗目标。目前，全校上下正在为实现这一宏伟目标而努力奋斗。