学校设有呼吸疾病研究所、蛇毒研究所、神经科学研究所、化学致癌研究所、肿瘤研究所、人文社会科学研究所、妇产科学研究所、心血管疾病研究所、骨科研究所、高等教育研究所、免疫研究所等11个研究所。设有广东省伦理学研究中心、广东省窥镜外科研究开发中心、广东省呼吸医学工程技术研究开发中心。呼吸疾病实验室是广东省地方高校中第一个国家重点实验室，神经遗传与离子通道病重点实验室是教育部与广东省共建重点实验室。另外拥有省级重点实验室6个、厅市级重点实验室12个。近年来，学校承担国家“973”、“863”等重大科研项目多项，在《自然医学》、《柳叶刀》等世界知名杂志上发表多篇高水平论文。
学校主办的学术刊物有《广州医科大学学报》、《中华生物医学工程杂志》、《中华关节外科杂志》、《血栓与止血学杂志》、《CHEST》（中文版）、《JThoracicDisease》。其中《JThoracicDisease》2013年被SCI收录，《中华生物医学工程杂志》2011年被中国核心期刊收录。
学校先后与美国霍普金斯大学、加州州立大学、马里兰大学，法国斯特拉斯堡大学，英国爱丁堡大学、伯明翰大学、胡弗汉顿大学，韩国延世大学，澳大利亚昆士兰科技大学，香港大学、香港中文大学、香港理工大学，台湾义守大学、台湾中山医学大学等高等院校和研究部门开展合作办学和学术交流活动。有一批国外著名高校专家被聘为学校特聘教授、名誉教授或客座教授。
半个世纪的薪火相传，学校坚持发扬广医大学精神，实施“学科强校、人才兴校、附属医院组团发展”三大战略，与时俱进，开拓进取，从整体上提升了学校办学的核心竞争力，实现了自身的快速发展和办学水平的不断提高，为创建较高水平的教学研究型医科大学奠定了坚实的基础。