全省本科高校重点学科中国家一级重点学科6个，国家二级重点学科13个，分布于厦门大学9个，以及福建农林大学、福建师范大学、福州大学和华侨大学均1个。
国家重点（培育）学科2个，分别为福建农林大学的农作物遗传育种学和福州大学的结构工程。
全省本科高校共有省部级一级重点学科211个，分布于公办校209个，民办校2个。省部级一级重点学科建设中，厦门大学、华侨大学、福州大学、福建师范大学和福建农林大学位列前五，均在20个以上，16所高校无省部级一级重点学科。
省部级二级重点学科49个，学科数排名前五的为集美大学、华侨大学、闽江学院、闽南师范大学和泉州师范学院。
ESI学科排名
从2016年11月至2017年11月公布的7次ESI学科排名数据情况来看，福建省7所高校共计22个学科进入ESI学科排名前1%。
其中，厦门大学的材料科学、工程学、化学、环境与生态学、临床医学、农业科学、生物学与生物化学、数学和植物学与动物学等9个学科均7次入选，社会科学6次入选，物理学5次入选，计算机科学4次入选;
福州大学的材料科学、工程学和化学等3个学科均7次入选;
华侨大学的工程学和化学均7次入选，材料科学4次入选;
福建医科大学、福建师范大学、福建农林大学保持不变，各有一个学科7次均入选，分别是临床医学、化学和植物学与动物学;
福建中医药大学的临床医学学科入选4次。
近一年福建高校ESI学科排名数据变化情况
从各学科在7次排名表中变化情况来看，厦门大学的材料科学、化学和数学等学科的增幅明显，分别从184名提升至144名，86名提升至76名，146名提升至119名;
