学校秉承“嘉庚精神立校，诚毅品格树人”，努力把传承和弘扬嘉庚精神融入办学育人全部工作。2008年，学校以“优秀”成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。毕业生得到社会广泛好评，就业率连续10年保持在90%以上。学校在长期办学实践中形成了航海、水产等面向海洋的学科专业特色和优势，是我国培养高级航海人才的重要基地，航海教育在国内外有较大影响；水产学科在国内具有一定的优势和影响。2013年学校获批成为大陆唯一一家授权开展台湾船员无限航区海船船员适任培训和履约过渡期适任培训的单位。学校坚持服务地方，并充分发挥面向行业办学的传统，运用协同创新的体制机制，牵头组建“福建游艇产业关键技术协同创新中心”，参与创建“东海海水养殖产业升级协同创新中心”与“海洋生物资源开发利用协同创新中心”，并与厦门港口管理局合作共建“厦门东南国际航运研究中心”。

集美大学第三次党代会提出，今后五年学校将坚持内涵发展、特色发展、和谐发展，加快建设有特色、高水平、国内知名的大学，为实现国家战略和服务地方经济社会发展做出更大贡献。