学校设有160多个研究机构，其中国家重点实验室4个，国家工程实验室2个，国家工程技术研究中心1个，教育部重点实验室5个，教育部工程技术中心3个，教育部文科重点研究基地5个，福建省重点实验室、中心28个，厦门市重点实验室、中心16个。厦门大学国家大学科技园是福建省内唯一经科技部、教育部认定的国家级大学科技园。自然科学研究水平不断提升，“十一五”期间，共承担科技部和国家自然科学基金委项目、课题700多项，在Science和Nature（含子刊）以及CancerCell、TheLancet等国际高水平学术期刊上发表论文16篇，2项科研成果获国家自然科学二等奖，1项成果获国家技术发明二等奖。人文社会学科研究实力雄厚，南洋研究、台湾研究、高教研究、经济研究、会计研究等领域居国内领先地位。“十一五”期间，共承担国家社科基金项目131项（其中国家社科基金重大项目11项），教育部人文社科规划研究项目157项，教育部重大课题攻关项目4项，立项数均位居全国高校前列。在教育部第四届和第五届高校社会科学优秀成果奖中，分别有19项和14项成果获奖。

学校已与英、美、日、法、俄等国家和港澳台地区的270多所高校建立了校际合作关系。学校积极参与汉语国际推广工作，已与北美洲、欧洲、亚洲、非洲等地区的大学合作建立了15所孔子学院。2008年，厦门大学汉语推广南方基地获批并启动建设，为汉语国际推广工作提供有力支撑。2013年，学校荣获孔子学院“先进中方合作院校”称号，同时国家决定依托学校建设孔子学院院长学院。在对台交流方面，学校具有得天独厚的地理条件和难以替代的人文优势，已成为台湾研究的重镇和两岸学术交流的重要高校。

学校拥有完善的教学、科研设备和公共服务体系。目前学校占地近9000亩，其中思明校区位于厦门岛南端，占地2500多亩，漳州校区占地2568亩，翔安校区规划建设用地3645亩（2012年9月，翔安校区完成一期工程建设并投入使用）。校舍建筑总面积199万平方米，图书馆馆藏纸质图书总量448万册（另有电子图书39204GB），固定资产总值42亿元，仪器设备总值超过15.3亿元。校园高速信息网络建设的规模、水平居全国高校前列并成为CERNET2的核心节点之一。校园依山傍海、风光秀丽，已成为公认的环境最优美的中国大学校园之一。目前，厦门大学正昂首阔步朝着“世界知名高水平研究型大学”的奋斗目标迈进。