学校现有附属协和医院、附属第一医院、附属第二医院、附属口腔医院4所直属附属医院，附属第三医院正在建设中，同时在福建省设有省立临床医学院、福总临床医学院、附属漳州市医院、附属泉州第一医院、附属三明第一医院、附属龙岩第一医院、附属传染病医院、附属闽东医院、附属南平第一医院、附属福州第一医院、附属武警福建总队医院、附属宁德市医院等非直属附属医院和临床医学院12所。此外，有临床教学医院32所，形成了比较完善的临床教学与实践教学基地网络，有效保障了临床实践教学的需要。

学校现有临床医学和基础医学2个博士后科研流动站，科研机构87个，福建省国家重点学科培育建设学科1个，国家临床重点专科10个，省级临床重点专科14个，省“211工程”重点学科2个，省特色重点学科4个，省级重点学科9个，国家中医药三级实验室1个，教育部重点实验室1个，省级重点实验室4个，省部共建重点实验室2个，省级工程研究中心1个，省工程技术研究中心1个，省中医药二级实验室2个，省高校重点实验室5个，省高校优势学科创新平台（培育）1个，承担着大量的科研任务，成果显著。学校编辑出版的学术刊物《福建医科大学学报》、《福建医科大学学报（社科版）》、《中华高血压杂志》和《心血管康复医学杂志》等，面向国内外公开发行。学校图书馆面积2.56万平方米，图书、资料266多万册，是福建省医学图书中心馆。

学校正在实施“十二五”发展规划，实现学校新一轮发展，努力成为海峡西岸医药卫生人才培养中心、医学科学研究中心和医疗预防保健中心，跨入国内同类高校先进行列。（以上数据截止2016年9月底）