交通运输业在营改增初期，货运企业就出现了税负上升的情况。中国人民大学财政金融学院朱青教授认为，这主要有两个方面的原因：一是企业在那个时段没有新购置车辆，大宗的进项抵扣较少;二是普遍采取挂靠或承包经营，运营车辆大都不是本企业所有，无法取得固定资产及燃料、修理修配等进项抵扣发票。但随着改革的推进和抵扣范围不断扩大，税负上升的问题就会逐步得到解决。

最早实行营改增试点的上海，交通运输业经历了从税负整体增加到整体减少的情况：2012年首季，交通运输业整体增加税收1.2亿元，到2013年第四季度，已转变为整体减税1.7亿元，并逐步趋于平稳。

上海华敏储运有限公司就亲身经历了这一税负逆转的过程。在试点的前两个月，企业税负上升较快，比原来增加了11万元。“到试点的第三个月，企业对固定资产进行了更新，一次性采购8台新车，当月实现进项抵扣54万元。”总经理杜国华告诉记者，“新车都是国四排放标准，能耗低、排污小，设备升级后企业的市场竞争力明显增强。企业整体税负降至1.7%，已大大低于原来征收营业税时的税负水平。”

朱青表示，借力营改增实现快速发展，企业不能简单地等、靠、要，而是要积极适应改革带来的新变化，通过优化采购业务模式、采取价格谈判等办法分享制度红利，最终实现企业发展。