一、当前深化户籍制度改革的主要问题
(一)户籍制度改革的顶层设计体系尚不完善
一是户籍制度发展到今天，附着的社会管理功能、经济利益分配以及社会福利格局较为复杂，就业、住房、教育、土地、养老、医疗、生育、信息支持、社会救助、最低生活保障等都直接和户籍挂钩。因此，户籍制度改革不单纯是户口的放开，而是一项系统性工程。二是相关顶层设计必须综合考虑经济发展要求，最终达到有效拉动内需，推动城镇化建设和经济发展方式转型，实现中国梦。因此，户籍制度改革具有高度的复杂性，客观上需要有全局的、系统的、科学的顶层设计对改革进行指导。
(二)现行公共服务体制与深化户籍制度改革矛盾较大
1.户籍迁移放开速度与公共服务体制改革不匹配。在现有制度框架下，一些地方正是由于放开户籍限制后，无力承担大量新进人口的公共服务而紧急叫停，如2004年郑州户改政策一步放开，几十万人口涌人城市，涌入学校的农民工子女迅速增多，而市区公办教育资源严重不足，最终只能叫停。
2.我国公共服务体制改革面临多方利益博弈。户籍制度改革要求公共服务制度将更多的人口纳入到服务体系中，即打破当前利益格局的社会资源再分配机制。在城乡差距、地区差距较大的前提下，直接取消各地的公共服务筛选机制并不现实，改革不可能一步到位。当前，我国就业、教育、社会保障、住房等领域如何在改革速度与改革质量之间寻求平衡点，有待于进一步研究。
(三)现行土地制度对进一步深化户籍制度改革制约较大
1.深化户籍制度改革与土地制度改革密不可分。土地与户籍挂钩的农村土地集体所有制，将工业化和城市化所需要的劳动力储备留在了农村，曾在一定程度上避免了一些因城市资源短缺而可能造成的社会问题。随着城镇化的发展，若农村土地资产处置不清，农民无法彻底“离土离乡”，必然形成“两头靠”的状况。小城镇户籍制度改革效果不佳的一个重要原因，就在于进城农民失去土地的成本高于小城镇户籍带来的福利。现阶段，推进户籍制度改革必须处理好农民转移与土地流转之间的关系。
2.土地制度改革的难度较大。在我国，土地已经成为重要的财富，中央、地方各级政府、农民对土地各有不同的利益诉求，相关改革直接触动多方利益，特别是地方政府对土地的依赖性不断增大，土地制度改革已经不仅仅是农村的改革，也是财税体系的改革，更是城乡利益格局的改革，从而增大了改革的复杂性和艰巨性。当前，需要进一步研究农民转户后，土地如何处置才既能满足改革的需要又保护了农民的基本利益。
