| 南方医科大学历年排名表 | |||||
| 年度 | 全国排名 | 省内排名 | 分类 | 分类排名 | 总分 |
| 2018 | 114 | 7 | 医科 | 3 | 62.63 |
| 2017 | 117 | 7 | 医科 | 3 | 62.33 |
| 2016 | 112 | 7 | 医科 | 3 | 63.16 |
| 2015 | 99 | 6 | 医科 | 3 | 63.39 |
| 2014 | 104 | 7 | 医科 | 5 | 63.23 |
| 2013 | 91 | 6 | 医科 | 4 | 62.04 |
| 2012 | 88 | 6 | 医科 | 3 | 4.73 |
通过上述南方医科大学排名走势图可以看出，相对于2017年，南方医科大学在全国排名中下降了3名；在广东省内排名保持不变；在医科类院校中排名保持不变。
四、南方医科大学在全国的排名位次
在2018年全国高校排行榜中，和南方医科大学排名比较接近的大学有江苏大学和北京中医药大学，不想就读南方医科大学的同学，可以考虑下这两个学校。另外排名和南方医科大学比较接近的大学还有：
| 名次 | 学校名称 | 总分 | 星级排名 | 类型 | 地区 |
| 111 | 上海师范大学 | 62.66 | 4星级 | 师范 | 上海 |
| 112 | 黑龙江大学 | 62.65 | 4星级 | 综合 | 黑龙江 |
| 113 | 江苏大学 | 62.64 | 4星级 | 综合 | 江苏 |
| 114 | 南方医科大学 | 62.63 | 4星级 | 医科 | 广东 |
| 115 | 北京中医药大学 | 62.59 | 6星级 | 医科 | 北京 |
| 117 | 大连海事大学 | 62.42 | 4星级 | 理工 | 辽宁 |
| 118 | 南京邮电大学 | 62.39 | 4星级 | 理工 | 江苏 |
| 119 | 福建农林大学 | 62.36 | 4星级 | 农林 | 福建 |
