首都医科大学建校于1960年，是北京市重点高等院校，著名泌尿外科专家、两院院士，全国人大常委会原副委员长吴阶平教授为首任校长和终身名誉校长。2009年至2014年，学校承担国家“973”、“863”、国家自然科学基金、国家社会科学基金、北京市自然基金。2005年，以首都医科大学王晓民教授为首席科学家的项目“神经变性病的机制和防治的基础研究”获得国家科技部制定和实施的国家重点基础研究发展计划（亦称973计划）批准立项，资助总经费为3000万元人民币。

首都医科大学原名北京第二医学院，创建于1960年9月12日。1985年8月22日更名为首都医学院。1986年8月27日，确定首医为市属重点院校。1994年2月5日经教育部批准，更名为首都医科大学。2000年9月12日，首都医科大学创院40周年。2001年2月12日，北京联合大学中医药学院、北京医科高等专科学校和北京职工医学院并入首都医科大学。

截至2014年3月，学校有全日制在校生9770人，其中研究生2741人，长学制学生1534人，本科生3009人，高专高职生2077人，留学生409人；成教学生4551人。

注中国校友会连续25年做中国大学排名，主要评价指标有教学水平、培养质量、学科建设、科研成果、杰出师资、创新基地、科研项目、办学层次、社会声誉和国际化水平等，在大学排名领域还比较权威。