由于内部控制制度引进我国较晚，上市公司的内部控制环境还很不完善。我国上市公司存在“内部人控制”的问题。董事会中占绝大多数的当然是内部董事，而独立董事相比而言比例很低，并且大多数独立董事都是由政府或大股东推荐的，往往受到各种制约，不能发挥其应有的作用，使得董事会的投票决策往往都是大股东说了算。

与此同时，上市公司股权分布过于集中也是一个问题。很多上市公司都是由国有企业改制而来的，国有股和国有法人占据绝对优势，这部分股票是不能流通的，这就导致了公司的流通股比例过小，严重影响公司在资本市场的运作，也制约着公司的发展。

二、内部控制治理结构不合理

按照制度的要求，在证监会的指导下我国上市公司建立了内部控制体系，但缺乏具有可操作性的统一详尽的内控流程。目前我国所有的上市公司都运用了内部控制，但由于我国内部控制引进较晚，内部控制制度的基础仍较薄弱，没有建立起比较系统的内部控制体系。我国很多上市公司的内部控制制度仅仅只是简单复制行业制度国际惯例或者法律法规，并非从自身实际情况出发，没有针对性，使得内控制度缺乏适应性和可操作性。如果不能建立良好的内部控制体系，企业财产安全、会计信息质量就得不到保障，可能阻碍企业经营管理目标的实现和其他内部控制、监管措施的实施。

三、内部控制信息交流机制不完善

完善的信息交流机制是指上市公司能够及时、准确、完整地获取与经营管理有关的信息，并且在公司有关层级之间进行及时有效的传递与沟通，最终正确的处理信息。

但是上市公司的真实情况大体是企业管理层与员工信息的沟通不畅，企业管理者掌握着大部分资源，信息披露不规范并且不充分，财务会计信息系统的运作也受主要领导的制约，财务监督被架空。目前上市公司内部控制的信息交流机制存在严重的缺陷，阻碍了公司的信息传递和对信息的运用，影响了公司领导者的决策准确度，对上市公司的经营发展不利。

四、只注重内部控制理论，不重视实际运用效果

我国内部控制理论的研究发展较快，已经达到世界领先水平，但理论上的成就并不等同于实践上的发展。实践上的弱化已经成为大多数企业的通病，企业建立了内部控制体系，并提供了相应的内部控制理论作支持，但是由于公司人员职业道德水平低，内部控制交流机制不完善等原因，内部控制理论并没有得到充分的应用。相反，会阻碍企业的运行与发展。