1996年，全国人大常委会委托民政部牵头，组织有关单位和专家成立了婚姻法修改领导小组，在小组主持下成立了专家组，具体负责起草工作。巫昌祯参加了民政部的专家组，后又成为全国人大常委会法工委立法小组的专家。

修改稿第一稿出来后，巫昌祯随全国人大常委会去广东进行执法检查。通过深入调查分析，她指出，“包二奶”、养情妇现象数量上日益增多，形式上从隐蔽走向公开，主体不断扩大，由农民发展到商人又扩展到官员，已经造成了严重后果，特别是引发腐败和恶性刑事案件，有不少官商勾结和杀人灭口案都是由“包二奶”、养情妇引起的。

为了遏制这些丑恶现象，巫昌祯力主将“夫妻相互忠实”、“禁止有配偶者与他人同居”、“损害赔偿制度”等内容写进婚姻法修正案。

2001年4月，婚姻法修正案通过。修改后的婚姻法在总则中增加了一条：夫妻应当互相忠实，互相尊重;家庭成员间应当敬老爱幼，维护平等、和睦、文明的婚姻家庭关系。

面对“空洞的规则解决不了实际问题”的责问，巫昌祯说：“每一部法律的通则部分都是一种宣言性的，它本身不解决具体问题，是一种导向。”

“合同法有这样的规定，订合同的时候，不能违背社会公德，民法通则规定，民事行为必须遵守诚实信用的原则，这是法律的宣言性，这本身是道德问题，也是法律问题，不能否认它是法律问题。如果不忠实到一定程度，重婚了，同居了，法律能不管吗，那以后好多人就可以随便重婚了，社会就失去控制了，所以这个互相忠实，它在道德上是一种倡导，在法律上是一种宣言。”

牵挂弱势群体的立法保护

“我把一半的时间和心血给了学生和书，另一半给了社会和妇女。”

上个世纪80年代，巫昌祯组织成立了北京市第八律师事务所，是一家完全由女性组成的律师事务所，成员中有女检察官、女律师、女大学教师，还有一些民主党派、国家机关的工作人员，专门为妇女服务。律师事务所承办了许多法律援助案件，曾有“天下第一家”的美名。

作为法律专家，巫昌祯参与了多部法律的起草工作，她特别注重对弱势群体的法律保护。“国家之所以提出要保护老年人、妇女和儿童的合法权益，就是因为他们处于弱势地位。”

新婚姻法确立了离婚损害赔偿制度，巫昌祯非常高兴。她说：“在现实婚姻中，无过错一方往往是处于弱势的一方，其中多数又都是妇女。所以，设立了损害赔偿制度，不但符合公平原则，而且贯彻了维护妇女合法权益的原则。”