国家级高等学校特色专业建设点：药学、临床医学（北大医院）、临床医学（人民医院）、口腔医学、预防医学
国家级高等学校实验教学示范中心：生物医学实验教学中心
国家级教学团队：生理学科创新人才培养教学团队、生物化学与分子生物学学科创新人才培养教学团队、口腔医学课程建设教学团队
国家级精品课：人体生理学、生物化学、病理学、病理生理学、药物化学、口腔正畸学、外科学、医学免疫学、神经生物学、麻醉与重症医学、眼科学、口腔颌面医学影像诊断学、人体解剖学、神经病学、流行病学、药理学、妇产科学、医学微生物学、儿童口腔医学
国家理科基础科学研究和教学人才培养基地：药学
国家级人才培养模式创新实验区：北京大学第二临床学院长学制创新性医学人才培养模式示范区 [11-13]
北京大学医学部合作交流
截至2016年12月，北医与100多所海外高校和机构建立了合作关系，其中有40余所为北医战略合作伙伴，如美国的密歇根大学、伦敦国王学院、曼彻斯特大学、爱丁堡大学，奥斯陆大学、杜克大学等。
交流合作的主要形式从以教授与教授间合作的单一模式逐渐转为以教授（实验室）与教授（实验室）合作为基础，重点支持校方合作框架下的团队合作模式，并逐渐倾向于有目的、有重点、有步骤的强强实质性合作。建立了多个中外合作中心，例如“北京大学医学部-密歇根大学医学院转化医学与临床研究联合研究所”、“北京大学医学部-曼彻斯特学术医学中心医学遗传联合研究中心”、“北京大学医学部-乌尔姆大学神经科学联合研究中心”、“北京大学医学部-英国伦敦国王学院医学研究联合研究所”等。
北医设立了28个学生交流活动项目，与17所协议学校建立了MD-PhD项目，设立了10余项国际交流奖学金项目，搭建起国际医学教育资源共享的平台。通过与中华医学基金会、WHO、NIH、CDC、世界银行等国际机构保持的良好工作关系，获得了更多的科研与人才培训基金 [10] 。
