学校现有全日制在校生10596人，其中本、专科生6635人，硕士研究生3281人，博士研究生680人，研究生占37.39%，境外学生占10.02%。另有继续教育学生3042人，远程教育学生15655人，目前全校各类在校生达29293人。

学校现设有中医学院、中药学院、生命科学学院、针灸推拿学院、管理学院、护理学院、人文学院、马克思主义学院、国学院、国际学院、台港澳中医学部、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、第四临床医学院、第五临床医学院、第七临床医学院、研究生院、远程教育学院、继续教育学院、体育教学部等教学机构。学校致力于构建面向未来的以高层次教育为主的人才培养体系，目前设有中医学、中药学、中药制药、药学、针灸推拿学、康复治疗学、公共事业管理（卫生事业）、药事管理、信息管理与信息系统、护理学、英语、法学（医药卫生）12个本科专业。

学校是全国高等中医药院校中首批建立博士学科点和博士后科研流动站的单位之一，设有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站。中医学、中药学、中西医结合均具有一级学科博士学位授权，囊括42个二级学科博士学位学科授予点，并有45个硕士学位学科授予点。学校现有一级学科国家重点学科2个，涵盖二级学科国家重点学科15个；有国家中医药管理局重点学科48个；一级学科北京市重点学科2个，二级学科北京市重点学科8个；重点学科建设在全国中医药院校中保持领先地位。

学校现有省部级以上科研基地48个，其中国家级国际科技合作基地2个，教育部重点实验室3个，教育部工程研究中心2个，高等学校学科创新引智基地2个，国家中医药管理局三级实验室14个，国家中医药管理局重点研究室11个，北京市重点实验室6个，北京市教委工程研究中心1个，北京市国际科技合作基地6个，北京中医药文化研究基地1个。

学校现有东直门医院（第一临床医学院）、东方医院（第二临床医学院）、第三附属医院（第三临床医学院）、枣庄医院（第四临床医学院）、深圳医院（第五临床医学院）、孙思邈医院（第七临床医学院）6所直属附属医院。学校有国家临床重点专科15个，国家中医药管理局重点专科35个。建设国医大师传承工作室5个，全国中医学术流派和全国名老中医药专家传承工作室42个，北京中医药“薪火传承3+3工程”名医传承工作站37个。另有临床教学基地36所，承担着全校学生的临床教学、见习、实习工作。