在2002年教育部、卫生部签署共建协议的基础上，在国务院领导同志和教育部、卫生部的大力支持和推动下，2006年9月，我校与清华大学实行紧密合作办学，可同时使用“北京协和医学院--清华大学医学部”作为第二名称，学校仍为独立法人单位，并进入“211”和“985”工程建设行列。两校强强联合办学，共同探求中国高等医学教育改革的创新模式。
在中华民族实现伟大复兴的历史进程中，面对前所未有的战略发展机遇，院校确立了将北京协和医学院建设成为国内一流、国际知名的以精英教育为特色的研究型医学院校，将中国医学科学院创建成为中国医学科学研究创新体系核心基地和新型国家医学科学院的战略发展目标。我们坚信：院校几代人同心同德、和衷共济、勤奋耕耘、开拓创新，一定能够实现自己的宏伟目标，一定能够为我国医学科学事业和高等医学教育事业作出新的更大贡献！
