1928年更名为国立清华大学，有文、法、理、工4个学院，16个系

1937年南迁长沙与北京大学、南开大学联合组成国立长沙临时大学

1938年长沙临时大学迁到昆明，更名国立西南联合大学

1946年迁回北京清华园复校，有文、法、理、工、农5个学院，26个系

1952年经全国高校院系调整，成为多科性工业大学

1978年恢复全国高等教育招生考试

1984年设立国内高校中第一个研究生院

在管理工程系基础上建立经济管理学院

在已有理学科系基础上恢复理学院

1985年建立国内第一个继续教育学院

1988年在建筑系基础上建立建筑学院

1993年在已有人文社会科学学科系、所基础上建立人文社会科学学院

1994年在已有信息学科系、所基础上建立信息科学技术学院

1996年在已有机械类学科系、所基础上建立机械工程学院

1999年恢复建立法学

原中央工艺美术学院并入，成为清华大学美术学院

2000年在已有土木水利类学科系、所基础上建立土木水利学院

在公共管理系的基础上建立公共管理学院

2001年建立医学院

2002年在传播系基础上建立新闻与传播学院

2003年原隶属信息产业部的华信医院(原酒仙桥医院)和玉泉医院正式并入

2004年4月正式挂牌，分别成为清华大学第一附属医院和第二附属医院

2004年在工程力学系、宇航技术研究中心等基础上建立航天航空学院