学校校本部设有10所学院和1所研究院，包括基础医学院、公共卫生学院、化学生物学与药学院、生物医学工程学院、中医药学院、卫生管理与教育学院、护理学院、燕京医学院、全科医学与继续教育学院、国际学院;北京脑重大疾病研究院。学校现有19所临床医学院暨附属医院，包括首都医科大学宣武医院(第一临床医学院)、附属北京友谊医院(第二临床医学院)、附属北京朝阳医院(第三临床医学院)、附属北京同仁医院(第四临床医学院)、附属北京天坛医院(第五临床医学院)、附属北京安贞医院(第六临床医学院)、附属复兴医院(第八临床医学院)、附属北京佑安医院(第九临床医学院)、附属北京胸科医院(第十临床医学院)、北京三博脑科医院(第十一临床医学院)、附属北京地坛医院(第十二临床医学院)、附属北京儿童医院(儿科医学院)、附属北京口腔医院(口腔医学院)、附属北京安定医院(精神卫生学院)、附属北京妇产医院(妇产医学院)、附属北京中医医院(中医药临床医学院)、附属北京世纪坛医院(肿瘤医学院)、中国康复研究中心(康复医学院)和附属北京康复医院(北京康复医学院)，以及预防医学教学基地(北京市疾病预防控制中心)。学校还设有37个临床专科学院、专科学系。

学校和附属医院现有教职员工和医务人员35128人(校本部1560人，附属医院33568人)。有院士6人，特聘顾问11人，正高职称1875人，副高职称3275人。其中教授667人(校本部88人，附属医院579人),副教授1114人(校本部196人，附属医院918人);博士生导师362人(校本部80人，附属医院282人)，硕士生导师745人(校本部111人，附属医院634人)。有4个教育部创新团队;1个科技部重点领域优秀创新团队;校本部和附属医院总占地面积136.1万平方米(校本部24.7万平方米,附属医院111.4万平方米);总建筑面积224.4万平方米(校本部33.9万平方米，附属医院190.5万平方米);固定资产总值160.1亿元(校本部15.9亿元，附属医院144.2亿元);教学科研仪器设备总值28.8亿元(校本部10.5亿元，附属医院18.3亿元);图书馆藏书126.7万册(校本部80.4万册，附属医院46.3万册);住院病床16555张。