1985年学校更名为北京医科大学，运动医学专家曲绵域教授任校长。
进入20世纪90年代中期，中国政府确立了教育发展改革纲要，明确提出“211工程”，即重点建设若干所大学，使之接近或达到或超过世界一流水平。1996年8月28日，北京医科大学正式通过了国家首批“211工程”建设项目的论证，再次成为中国政府重点支持的医科大学。从1991年至2000年4月，校长为血液病学专家王德炳教授。2000年4月3日，北京医科大学与北京大学正式合并，组建新的北京大学。2000年5月4日，北京医科大学正式更名为北京大学医学部，中国科学院院士、病理生理专家韩启德教授出任北京大学常务副校长并兼任医学部的主任。2003年，肿瘤分子生物学专家柯杨教授任北京大学医学部常务副主任至今。
