为进一步理顺办学体制，整合集成资源，促进学科融合，加强统筹管理，经教育部同意，学校校部于2005年9月变更为设在北京。校部变更后，学校将继续保持两地办学格局，深化两地实质性一体化办学模式，更好地发挥北京在人才吸引、国际合作、信息交流、校际往来等方面的优势，促进多方面合作，扩大社会影响，推进学校快速发展。
面对新形势，学校确立了“遵循教育规律，适应社会需求，突出办学特色，深化教育改革，实现跨越式发展，用十到十五年的时间，把我校初步建成一所国内一流、国际上有一定影响、具有鲜明特色的多科性、研究型、国际化高水平大学”的发展目标，到2008年，也就是建校50周年时，力争使学校成为教育部直属高校行列中的一所强校；然后，再用10年左右的时间把我校建设成为一所特色鲜明的高水平知名大学。
