医科院与协和医学院实行院校合一的管理体制，医科院为协和医学院提供雄厚的师资和技术力量，协和医学院为医科院培养高层次的人才，相互依托，优势互补，教研相长。院校设有18个研究所（以及5个分所）、7所临床医院（含与北京市共建的天坛医院）、6所学院、1个研究生院。院校拥有一大批在医药卫生领域内经验丰富、学术水平较高并做出杰出贡献的著名专家、教授。现有中国科学院和中国工程院两院院士28人，“千人计划”人选14人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授15人，长江学者讲座教授3人，杰出青年基金获得者35人，国家级和部委级有突出贡献的中青年专家107人，国务院学位委员会委员1人、学科评议组成员9人（其中3人为学科评议组组长），在岗博士生导师654人，硕士生导师845人。

协和医学院坚持小规模招生、高层次培养、高质量输出的办学宗旨，在长期的办学实践中，凝练出“坚持医学精英教育、实行高进优教严出、注重能力素质培养、强调三高三基三严、开放办学博采众长、传扬优良文化传统”的办学特色。我校是首批具有博士学位和硕士学位授予权的单位，现有一级学科博士授权专业点8个、一级学科硕士授权专业点3个，是国务院学位委员会自行审核博士学位授权一级学科点和硕士学位授权一级学科点的委托学位授予单位。现有一级学科国家重点学科2个，二级学科国家重点学科8个，三级学科国家重点学科2个，国家重点培育学科1个。可分别授予医学博士、理学博士（哲学博士）、医理双博士、工学博士、医学硕士、理学硕士、工学硕士和管理学硕士等学位，每年授予博士学位人数位居全国医学院校首位。现有各类在校生4726人，其中研究生3862人占82%，普通本科生与成人本科生628人占13%，普通专科生236人占5%，呈典型的“倒金字塔”结构。多年来为国家培养了大批优秀的临床医学家、医学科学家、医学教育家、护理学家和医政管理学家，为我国医学教育、医学科学研究和医疗卫生事业的进步和发展做出了积极的贡献，在国内外享有很高的声誉。

院校科研实力雄厚，医学科研包括基础医学、临床医学、预防医学、药物以及与医药学有关的生物、物理、化学等相关学科，覆盖了医学科学各领域。拥有5个国家级重点实验室、10个部门开放实验室、2个国家工程技术研究中心、1个国家工程研究中心、1个国家工程实验室、21个其他省市重点实验室和工程技术中心、6个博士后科研流动站。“十一五”期间，承担各类科研项目共计6367项，累计获科研项目资助额达22.1亿，其中国家级科研项目资助金额占61%；累计获各类科技奖励成果199项，其中国家科学技术奖24项；累计获准专利215项，新药证书7项；累计发表SCI论文3877篇，位居全国医学院校之首。