2005年起，学校按照“系统设计、分步实施、项目推动”的原则，围绕专业、人才培养方案、教师、学生和保障机制等关键要素，以学生为中心，在调整专业结构、修订人才培养方案、重构课程体系、改革教学方法与手段、应用型师资队伍和质量监控体系建设等方面进行一体化设计与改革。2009年获得国家教学成果二等奖。根据刘延东同志和陈希同志批示，教育部总结形成《关于合肥学院等地方高校应用型人才培养模式的调研报告》在全国推广。

2009开始，根据国际高等教育发展新趋势，突破学科定势，开展能力导向的模块化教学改革。，学校获国家教学成果一等奖，是省属高校获得的唯一最高奖项，校党委书记蔡敬民获得习近平总书记等中央领导人的亲切接见。2015年获第四届全国教育改革创新特别奖。2016年联合德国大陆集团、德国应用科学大学设计“双元制”高等教育专业，探索产教融合新模式。

近五年来，全国600余所高校、6000多人次组团来校专题学习应用型高校建设经验。按照教育部安排，学校先后30余次为全国地方本科院校党委书记、校长培训班、转型培训班等作教学改革报告。为兄弟省教育厅和高校做120余场专题报告。

近几年来，《人民日报》《光明日报》《中国教育报》《中国青年报》《新华每日电讯》先后60多次报道学校改革发展情况。新华社《国内动态清样》和《内部参考》先后4次报道学校改革发展成果。2016年9月，教育部评估中心领导在对学校审核评估反馈会上指出，合肥学院是全国应用型本科院校第一方阵的排头兵。教育部正在总结推广“安徽现象、合肥模式”。

2009年以来，学生获得各类科技竞赛省级以上奖项1160项，其中国家级奖项343项、一等奖和特等奖59项，多个奖项为全省高校唯一或首次。如第十届“西门子杯”中国智能制造挑战赛全国总决赛特等奖（第一名）。中德青年学生创业孵化中心入驻创业团队30家，注册公司14家。2016年有145项国家级和375项省级创新创业项目立项，新增18项大学生创客实验室建设计划，保持全省高校第一。

毕业生就业签约率始终保持在96%以上，连续多年位居全省前列，被评为全省高校“就业工作标兵单位”。其中，60%毕业生在合肥就业，80%在安徽就业。2015、2016年，文、理科二本招生投档最低分均双双位居全省第一。2017年，学校共有38个专业进入省一本招生。