学校的办学定位是建设高水平医科大学。学校将现代著名教育家蔡元培先生为学校前身东南医学院师生的题词“好学力行，造就良医”确立为校训，弘扬“爱国爱民，献身人类健康”的光荣传统，秉承“兴国、奉献、仁爱”的育人理念，倡导践行“求真、求精、求新”的校风学风。
学校现有基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院（安徽省口腔医院）、卫生管理学院、生命科学院学院、护理学院、药学院、人文社会科学学院、国际教育学院、公共基础学院、研究生学院、成人教育学院（继续教育学院）、临床医学院、第一临床学院（第一附属医院）、第二临床学院（第二附属医院）、巢湖临床学院（附属巢湖医院）、第四临床学院（第四附属医院）、医学检验系、医学影像系、麻醉学系、医学心理学系、医学美容系等直属教学机构。
学校拥有5所直属附属医院（第一附属医院、第二附属医院、第四附属医院、附属巢湖医院、附属口腔医院——安徽省口腔医院），6所非直属附属医院（附属省立医院、第三附属医院——合肥市第一人民医院、附属合肥医院——合肥市第二人民医院、附属安庆医院——安庆市立医院、附属六安医院——六安市人民医院、附属宿州医院——宿州市立医院），与合肥市共建附属阜阳医院。学校坚持开放、合作、共赢的方针，与军事医学科学院、清华大学、中科院合肥物质研究院、香港大学等建立战略合作伙伴关系，并在解放军北京军区总医院、空军总医院、海军总医院、武警总医院、解放军306医院、解放军307医院、新疆自治区人民医院等建立临床学院，目前临床学院达50余所，各专业实践教学基地100余所，分布于安徽省各地市及北京、上海、江苏、山东、浙江、广东、福建、新疆等省市区。

学校设有临床医学（七年制）、临床医学（五年制）、口腔医学、预防医学、生物技术、护理学、公共事业管理、药学、中药学、医事法学、食品质量与安全、临床药学、生物医学工程等24个本科专业。拥有临床医学、药学2个博士学位授权一级学科点，共26个博士学位授权学科点，拥有临床医学博士专业学位授予权，有10个硕士学位授权一级学科点，74个硕士学位授权学科点。建立了药学、临床医学、公共卫生与预防医学3个博士后科研流动站。皮肤病与性病学为国家重点学科，中药药理学、中医肿瘤病学为国家中医药重点学科，有12个国家临床重点专科，19个省级重点学科，42个省级临床医学重点学科和重点扶持学科；建有1个科技部省部共建国家重点实验室培育基地，2个教育部重点实验室、13个中央（财政部）与地方共建实验室，25个省级以上（重点）实验室（工程技术中心、科技公共服务平台、人文社科研究基地），是国家药品临床研究基地。有1个教育部科技创新团队，2个安徽省科技创新团队，3个安徽省“115”科技产业创新团队。跻身国家“中西部高校基础能力提升工程”，是国家级大学生创新创业训练计划承担高校。《流行病学》、《临床药理学》是国家级精品课程，预防医学、药学、临床医学、公共事业管理专业是国家级高等学校特色专业建设点，临床药理学教学团队为国家级教学团队，公共卫生与预防医学实验教学中心获批国家级实验教学示范中心。启动卓越医生教育培养计划，2个项目跻身国家级试点。1名教授入选“万人计划”第一批教学名师。1门课程入选教育部来华留学英语授课品牌课程。获得国家级教学成果二等奖一项。