上海海关学院是经教育部批准设立的具有高等学历教育招生资格的全日制普通高等学校，直属于中华人民共和国海关总署。中国海关高等教育已有百余年历史，1908年清政府在北京建立税务学堂（后更名为税务专门学校，并迁址上海），该学堂是世界上最早从事海关高等专业教育的学校之一。新中国成立后，1953年上海海关学校设立；1980年经国务院批准，升格为上海海关专科学校；1996年更名为上海海关高等专科学校。2007年3月，教育部批准在上海海关高等专科学校的基础上设立上海海关学院。2012年12月，学院被国务院学位委员会正式批准为“服务国家特殊需求人才培养项目”——学士学位授予单位开展培养硕士专业学位研究生试点工作单位。

学院现设有海关管理系、经济与工商管理系、法律系、外语系、基础部等五个教学系（部）；设置了海关管理、物流管理、审计学、国际商务、税收学、法学、英语等7个本科专业和税务硕士专业学位，涵盖管理学、经济学、法学、文学等4个学科门类。其中，海关管理专业为国家控制布点特设专业，法学、税务专业分别是教育部第二、三批高等学校特色专业建设点。目前全日制在校生1923人，其中本科生1860人、研究生63人。

学院的主要任务是立足海关、面向社会，培养符合海关事业和经济社会发展需要的应用型、复合型、涉外型的高素质海关管理专业人才以及服务口岸物流和国际商务的外经贸专业人才。并积极开展海关理论研究和国际交流。学院同时承担海关系统中、高级干部继续教育、知识更新和业务培训等任务；并根据世界海关组织(WCO)的分工和亚太区域国家和地区的要求，逐步承担该区域海关人员培训任务，履行相应的国际义务。