上海最好的医药大学主要有以下几所：
1、复旦大学
复旦大学的医学有基础医学院、上海医学院、公共卫生学院、药学院、护理学院、生命科学学院6个医学相关学院，有10个附属医院。
2、同济大学
同济大学的医学有医学院、生命科学与技术学院、基础医学院、预防医学院、口腔医学院、临床医学院6个医学相关学院，有9个附属医院。
3、上海交通大学
上海交通大学的医学有药学院、生命科学学院、临床医学院、口腔医学院、公共卫生学院、护理学院6个医学相关学院，有13所附属医院。
4、上海第二军医大学

是中国人民解放军总后勤部直属的一所为军队培养医学专门人才及卫生管理干部的全国重点医科大学，有基础部、海医系、药学院、卫勤系、护理学院、心理与精神卫生学系、热带医学与公共卫生学院、外训系、中医系这“一部八系”，有4个附属医院。
5、上海中医药大学
上海中医药大学有基础医学院、中药学院、针灸推拿学院、护理学院、医学技术学院、康复医学院、5个临床医学院，共有11个医学院，5个附属医院。