南京中医药大学2018年全国排名第140位，在江苏排名第20位；2017年全国排名第140位，在江苏排名第20位；2016年全国排名第146位，在江苏排名第20位；2017年全国排名第184位，在江苏排名第21位；全国排名第203位，在苏州排名第21位；2013年全国排名第205位，在苏州排名第21位；2012年全国排名第202位，在江苏排名第21位。以下是南京中医药大学历年排名整理表：
| 年份 | 排名 | 院校 | 所在地 | 分省排名 | 类型 | 参考类型1 | 参考类型2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2018 | 140 | 南京中医药大学 | 江苏 | 20 | 医药 | 医学类 | 研教2型 |
| 2017 | 140 | 南京中医药大学 | 江苏 | 20 | 医药 | 医学类 | 研教2型 |
| 2016 | 146 | 南京中医药大学 | 江苏 | 20 | 医药 | 医学类 | 研教2型 |
| 2015 | 184 | 南京中医药大学 | 江苏 | 21 | 医药 | 医学类 | 教研1型 |
| 2014 | 203 | 南京中医药大学 | 苏州 | 21 | 医药 | 医学类 | 教研1型 |
| 2013 | 205 | 南京中医药大学 | 苏州 | 21 | 医药 | 理科类 | 教研1型 |
| 2012 | 202 | 南京中医药大学 | 江苏 | 21 | 医药 | 医学类 | 教研1型 |
