2018中国大学排行榜中，南京农业大学的排名情况是：
[1]在中国高校700强中，南京农业大学排名第43名，相对于2017年排名上升了4名。
[2]在江苏所有高校中，南京农业大学排名第4名，相对于2017年排名上升了 1名。
[3]在所有农林类大学中，南京农业大学排名第2名，相对于2017年排名保持不变。
| 南京农业大学历年排名表 | |||||
| 年度 | 全国排名 | 省内排名 | 分类 | 分类排名 | 总分 |
| 2018 | 43 | 4 | 农林 | 2 | 65.08 |
| 2017 | 39 | 3 | 农林 | 2 | 64.95 |
| 2016 | 46 | 3 | 农林 | 2 | 65.90 |
| 2015 | 47 | 3 | 农林 | 2 | 66.00 |
| 2014 | 47 | 3 | 农林 | 3 | 65.37 |
| 2013 | 59 | 6 | 农林 | 3 | 63.59 |
| 2012 | 55 | 5 | 农林 | 3 | 9.16 |
