东南大学是一所综合类重点本科院校，拥有共22个优势专业（特色专业）。
东南大学通信工程、电子科学与技术、软件工程（设2个专业方向）、建筑学、土木工程、交通工程、信息工程、自动化、机械工程及自动化、电气工程及其自动化、计算机科学与技术、生物医学工程、测控技术与仪器、热能与动力工程、城市规划、工程管理、数学与应用数学、材料科学与工程、道路桥梁与渡河工程、医学影像学、新能源材料与器件、传感网技术等专业可以说是东南大学最有优势的特色专业了，这些专业为同类型高校相关专业和本校的专业建设与改革起到示范带动作用。
优势专业的详细列表：
| 专业名称 | 所属领域方向 | 建设批次 | 备注说明 |
|---|---|---|---|
| 通信工程 | 通信工程 | 1 | |
| 电子科学与技术 | 集成电路 | 1 | |
| 软件工程 | 软件工程 | 1 | 设2个专业方向 |
| 建筑学 | 2 | ||
| 土木工程 | 2 | ||
| 交通工程 | 2 | ||
| 信息工程 | 2 | ||
| 自动化 | 2 | ||
| 机械工程及自动化 | 2 | ||
| 电气工程及其自动化 | 3 | ||
| 计算机科学与技术 | 3 | ||
| 生物医学工程 | 3 | ||
| 测控技术与仪器 | 4 | ||
| 热能与动力工程 | 4 | ||
| 城市规划 | 4 | ||
| 工程管理 | 4 | ||
| 数学与应用数学 | 6 | ||
| 材料科学与工程 | 6 | ||
| 道路桥梁与渡河工程 | 6 | ||
| 医学影像学 | 6 | ||
| 新能源材料与器件 | 新材料 | 7 | |
| 传感网技术 | 新一代信息技术 | 7 |
