南京中医药大学始建于1954年，历经江苏省中医进修学校、江苏省中医学校、江苏新医学院、南京中医学院等历史时期，是全国建校最早的高等中医药院校之一，是江苏省重点建设高校，也是江苏省与国家中医药管理局共建高校。
2015年南京中医药大学排名情况
2015年南京中医药大学在中国大学排行榜中位居第168名；在江苏高校排名中位居第18名；在医科大学排名中位居第16名。下面列表是南京中医药大学历年排名情况：
| 年份 | 排名 | 总分 | 类型 | 人才培养 | 科学研究 | 社会影响 |
| 2015 | 168 | 62.03 | 医药 | 60.88 | 61.83 | 64.41 |
| 2014 | 191 | 62.08 | 医药 | 60.81 | 63.73 | 60.16 |
| 2013 | 195 | 60.66 | 医药 | 1.62 | 2.09 | 0.3 |
| 2012 | 184 | 1.69 | 医药 | 1.66 | 2.14 | 0.18 |
| 2011 | 179 | 1.76 | 医药 | 1.41 | 2.33 | 0.37 |
| 2010 | 194 | 1.53 | 医药 | 0.87 | 2.33 | 0.55 |
| 2009 | 200 | 1.42 | 医药 | 0.96 | 1.93 | 0.62 |
