我国事业单位改革真正有了顶层设计，始于2016年3月，中共中央、国务院下发的《关于分类推进事业单位改革的指导意见》(以下简称《指导意见》)要求，在清理规范基础上，按照社会功能将现有事业单位划分为承担行政职能、从事生产经营活动和从事公益服务三个类别。2016年7月，事业单位分类、编制管理、财政政策、国有资产管理、法人治理结构建设、人事制度改革、收入分配制度改革、职业年金办法等10个配套文件印发。

　　《指导意见》提出，从2016年到2016年，完成事业单位分类，部分转为企业或划归政府行政机构;2016年至2020年，建立和完善事业单位的管理体制和运行机制，形成中国特色的公益服务体系。

　　李建忠认为，分类推进事业单位改革的根本和核心目标，就是要强化事业单位公益属性，不断提高公共服务水平和效率，促进公益事业大力发展，切实为人民群众提供更加优质高效的公共服务。

　　我国事业单位有110多万个，职工数量超过3000万人，是我国国有单位中人员总量最大的部门。但从构成看，仍存在城乡、区域之间配置不合理，直接面向公众提供服务的机构人员比例不足，部分行业资源配置存在机构重叠、人浮于事等问题。需要通过结构布局的调整，将那些不能提供公共服务、不适合由政府提供的服务，以及主要从事营利活动的事业单位从现有事业单位序列中清理出去，促进公共服务回归公益性的本源。

　　“《指导意见》提出，对承担行政职能的事业单位，要通过梳理职能，将属于政府的职能划归相关行政机构;对从事生产经营活动的事业单位，改革主要是推进其转企改制，转制单位要按规定注销事业单位法人，核销事业单位编制。今后不再批准设立承担行政职能的事业单位和从事生产经营活动的事业单位。”李建忠说。

　　事业单位布局结构的调整同样面临一系列需要解决的问题。承担行政职能的事业单位的职能和机构的调整对现有行政机构、人员编制形成了冲击。《指导意见》提出，调整中涉及机构编制调整的，不得突破政府机构限额和编制总额，主要通过行政管理体制和政府机构改革中调剂出来的空额逐步解决。对从事生产经营活动的事业单位、国有企业在市场经济中地位尴尬，国有单位利用公共资源甚至垄断资源谋取利益的合法性日益受到质疑等问题的解决，决定了转企改制只是这类机构改革过程中的一个阶段性、暂时性的目标和方式。