首都医科大学2018年全国排名第72位，在北京排名第12位；2017年全国排名第70位，在北京排名第12位；2016年全国排名第64位，在北京排名第12位；2017年全国排名第61位，在北京排名第11位；全国排名第60位，在北京排名第11位；2013年全国排名第57位，在北京排名第10位；2012年全国排名第59位，在北京排名第11位；2011年全国排名第69位，在北京排名第12位；2010年全国排名第70位，在北京排名第12位。以下是首都医科大学历年排名整理表：
| 年份 | 排名 | 院校 | 所在地 | 分省排名 | 类型 | 参考类型1 | 参考类型2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2018 | 72 | 首都医科大学 | 北京 | 12 | 医药 | 医学类 | 研教1型 |
| 2017 | 70 | 首都医科大学 | 北京 | 12 | 医药 | 医学类 | 研教1型 |
| 2016 | 64 | 首都医科大学 | 北京 | 12 | 医药 | 医学类 | 研教1型 |
| 2015 | 61 | 首都医科大学 | 北京 | 11 | 医药 | 医学类 | 研教1型 |
| 2014 | 60 | 首都医科大学 | 北京 | 11 | 医药 | 医学类 | 研教1型 |
| 2013 | 57 | 首都医科大学 | 北京 | 10 | 医药 | 医学类 | 研教1型 |
| 2012 | 59 | 首都医科大学 | 北京 | 11 | 医药 | 医学类 | 研教1型 |
| 2011 | 69 | 首都医科大学 | 北京 | 12 | 医药 | 医学类 | 研教1型 |
| 2010 | 70 | 首都医科大学 | 北京 | 12 | 医药 | 医学类 | 研教1型 |
