安徽中医药高等专科学校前身是始建于1960年的“芜湖市中医学校”；2001年，学校独立升格并于次年经教育部批准，在全国同类院校率先更名为“安徽中医药高等专科学校”。为整合卫生教育资源，壮大学校实力，2006年，市政府将芜湖市中医医院成建制划归学校作为直属附属医院；2012年，附属市牙病防治所成功创建附属口腔医院（芜湖市口腔医院）。经过50多年的建设与发展，学校已经成为具有鲜明中医药特色的地方性高等院校。2010年，学校在高职高专院校人才培养工作评估中获得“优秀”等次，成功创建了“安徽省示范性高等职业院校”。

学校现为教育部中医药职业教育教学指导委员会副主任委员单位、全国中医药职业技术教育学会常务副理事长单位、全国中医药高职高专教育教材建设指导委员会主任委员单位、安徽省中医药学会中医养生保健专业委员会理事长单位、安徽省药学会中药材种植（养殖）专业委员会理事长单位。

学校占地面积997亩，总建筑面积29.7万平方米，设有医疗系、药学系、康复保健系、护理系、口腔医学系、基础教学部和思想政治理论课教学研究部等7个教学系部，开设中医学、中医骨伤、针灸推拿、中药、中药制药技术、药学、药品质量检测技术、护理、医疗美容技术等27个专业，面向全国21个省、市、自治区招生，全日制专科在校生9317人。学校现有专任教师550人，其中，副高以上专业技术人员183人，具有研究生学历人员173人，国家级名老中医3人，全国优秀教师1人。学校还聘任国医大师李济仁、长江学者叶文才等6名专家教授为特聘教授、客座教授。

学校下辖3所直属附属医院、1所附属药厂、1个安徽中药资源研究所、1个中药材种植基地、1个天然药用植物园和9所非直属附属医院、23所教学医院以及134家校外实习基地。学校附属中医医院（芜湖市中医医院）创立于1958年，在中医界素有“江南中医一枝花”的美誉，为“全国首批示范中医院”、“国家三级甲等综合性中医医院”，医院拥有4个国家级重点中医专科专病、6个省级重点中医专科专病、5个市级重点中医专科。