安徽中医药大学创建于1959年，其前身为1952年创立的安徽省中医进修班（学校）。1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中医学院，郭沫若先生题写校名。1970年，安徽中医学院并入安徽医学院。1975年，国家教育部批准恢复安徽中医学院。2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。2011年，省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。2013年，教育部同意安徽中医学院更名为安徽中医药大学。

学校是国家中医临床研究基地、国家中药现代化科技产业（安徽）基地、国家中医药国际合作基地、国家药品临床研究基地、硕士研究生推荐免试单位。2005年以良好成绩通过国家教育部本科教学工作水平评估，2009年学校以优异成绩通过国家教育部中医学专业试点认证。少荃湖新校区建设被列入安徽省“861”计划，2013年上半年一期工程竣工并投入使用。

学校现占地总面积1171亩，有梅山路、史河路、少荃湖三个校区。东校区坐落于合肥市梅山路103号，西校区坐落于合肥市史河路45号，少荃湖校区坐落于前江路。教学科研仪器设备总值13872万元。图书馆藏书175万册（其中纸质图书94.32万册），古籍部珍藏古籍线装书3.3万册，是“全国古籍重点保护单位”。中药标本中心储藏了11万份药用植物腊叶标本，是全国医药院校珍藏标本最丰富的标本馆。新安医学文化中心是安徽省中医药文化宣传教育基地。

学校现有全日制在校生13205人（其中博士生、硕士生1059人）。现有13个二级学院（部）、3所直属附属医院、4所非直属附属医院。现有教职工2500多人（含两所附院），其中副高以上职称人员500余人。国医大师1人，安徽省高校领军人才5人，博士生导师22人，硕士生导师333人；享受国务院特殊津贴23人、省政府特殊津贴8人；安徽省学术与技术带头人、后备人才25人；国家名老中医学术经验项目指导老师26人。有来自国内外的56名知名专家学者担任我校客座教授。