安徽医科大学为安徽省省属重点大学，前身是1926年5月创办于上海的私立东南医科大学。1930年更名为东南医学院。1949年底响应中共中央华东局“面向农村，走向内地”的号召，内迁安徽怀远，成为安徽省第一所高等医科院校。1952年迁址合肥，改名为安徽医学院。1986年经安徽省人民政府批准，更名为安徽医科大学，1996年得到原国家教委同意。2015年获批成为教育部、国家卫生计生委与安徽省人民政府共建高校。学校位于安徽省会合肥市，校园环境优美，交通便利。

学校将现代著名教育家蔡元培先生为学校前身东南医学院师生的题词“好学力行，造就良医”确立为校训，弘扬“爱国爱民，献身人类健康”的光荣传统，秉承“兴国、奉献、仁爱”的育人理念，倡导践行“求真、求精、求新”的校风学风，致力于建设高水平医科大学。
学校现有基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院（安徽省口腔医院）、卫生管理学院、生命科学学院、护理学院、药学院、马克思主义学院、国际教育学院、公共基础学院、研究生学院、成人教育学院（继续教育学院）、临床医学院、第一临床医学院（第一附属医院）、第二临床医学院（第二附属医院）、巢湖临床医学院（附属巢湖医院）、第四临床医学院（第四附属医院）、医学检验系、医学影像系、麻醉学系、医学心理学系、医学美容系等直属教学机构。
学校拥有5所直属附属医院（第一附属医院、第二附属医院、第四附属医院、附属巢湖医院、附属口腔医院——安徽省口腔医院），6所非直属附属医院（附属省立医院、第三附属医院——合肥市第一人民医院、附属合肥医院——合肥市第二人民医院、附属安庆医院——安庆市立医院、附属六安医院——六安市人民医院、附属宿州医院——宿州市立医院），与合肥市共建附属阜阳医院。学校坚持开放、合作、共赢的方针，与军事医学科学院、清华大学、中科院合肥物质研究院、香港大学等建立战略合作伙伴关系，并在解放军北京军区总医院、空军总医院、海军总医院、武警总医院、解放军306医院、解放军307医院、新疆自治区人民医院等建立临床学院，目前临床学院达60余所，各专业实践教学基地120余所，分布于安徽省各地市及北京、上海、江苏、山东、浙江、广东、福建、新疆等省市区。
学校设有临床医学（“5+3”一体化）、临床医学（五年制）、口腔医学、预防医学、生物技术、护理学、公共事业管理、药学、中药学、医事法学、食品质量与安全、临床药学、生物医学工程等28个本科专业。拥有临床医学、药学2个博士学位授权一级学科点，26个博士学位授权学科点，拥有临床医学博士专业学位授予权，有10个硕士学位授权一级学科点，74个硕士学位授权学科点。建立了药学、临床医学、公共卫生与预防医学3个博士后科研流动站。皮肤病与性病学为国家重点学科，中药药理学、中医肿瘤病学为国家中医药重点学科，有12个国家临床重点专科，19个省级重点学科，42个省级临床医学重点学科和重点扶持学科；建有1个科技部省部共建国家重点实验室培育基地，2个教育部重点实验室、25个省部级（重点）实验室（工程技术研究中心、科技公共服务平台、国际科技合作基地、人文社科研究基地），是国家药品临床研究基地。有1个教育部科技创新团队，2个安徽省科技创新团队，2个安徽省“115”产业创新团队，3个安徽省高校科研创新平台团队，1个安徽省高校智库。跻身国家“中西部高校基础能力提升工程”，是国家级大学生创新创业训练计划承担高校。有4个国家级高等学校特色专业建设点，2个国家级专业综合改革试点，3个国家级卓越医生教育培养计划项目；1个国家级教学团队；2个国家级精品课程和精品资源共享课程；2个国家级实验教学示范中心,1个国家级虚拟仿真实验教学中心；1名国家“万人计划”教学名师。1门课程入选教育部来华留学英语授课品牌课程。获得国家级教学成果二等奖一项。